La iglesia de Mitla se alza en el corazón de la zona arqueológica mixteco-zapoteca de Mitla, Oaxaca (México).
El templo fue erigido sobre una plataforma prehispánica, y durante su construcción, que empezó en el año 1590, se utilizaron numerosos materiales extraídos de los templos prehispánicos de Mitla. Su fachada es muy sencilla y en su interior pueden verse dos retablos de estilo barroco, uno dedicado a la Virgen de Guadalupe y el otro a San Juan.